Chú nhím Sonic một lần nữa đối đầu với tiến sĩ Robotnik cùng với đồng minh của ông ta là Knuckles, nhằm ngăn chặn họ tìm ra viên ngọc lục bảo quyền năng có thể đáp ứng mọi mong muốn của chủ sở hữu.