Một lập trình viên máy tính bình thường bỗng trở thành niềm hi vọng cuối cùng của nhân loại.
Neo, Trinity và Morpheus lãnh đạo trận đánh để cứu loài người.
Nhiều giờ trước khi vùng đất cuối cùng trên trái đất nơi còn con người sống bị phá hủy, Neo và Trinity chọn trở lại Ma Trận, cùng với Morpheus chống lại thế lực đàn áp